明代书院经历了沉寂——勃兴——禁毁的曲折发展过程。从明建立至孝宗弘治十八年(公元1505年)的130年间，明代的书院处于沉寂状态。当时明朝廷重视官学的建立和发展，使明初官学呈现兴旺发达的局面，出现了唐宋所未有的盛况。至于书院，明朝廷既不提倡，也不修复，任其自生自灭。
从正德年间(公元1506—1521年)到嘉靖年间(公元1522—1566年)明代书院逐渐冲破沉寂，开始走向兴盛。据曹松叶先生统计，明的书院共计1239所，其中嘉靖年间兴建最多，占总数的37.13%;万历年间(公元1573—1620年)其次，占总数的22.71%。有些省的统计资料亦与上述情况相符。
明代书院以省份计算，江西省占19.59%，居第一位;浙江省占10.07%，广东省占10.07%，并列第二。
以江河流域计算，长江流域占51.25%，黄河流域占19.02%，珠江流域占30.73%。与元代相比，长江流域虽仍占第一位，但其百分比下降了，珠江流域升到第二位，黄河流域降到第三位。
以民办和官办计算，民办的占18.98%，与宋元相比下降很多。地方官办的占47.13%，中央及其他官府办的占17.88%。
明中叶后书院之所以兴盛，尤其是珠江流域新建书院明显增多，究其原因：第一是因为珠江流域的经济有了进一步的发展;第二是明王朝出现了宦官专权，政治腐败，在野士大夫便设立书院，在讲学之余，讽议朝政，臧否人物。加之官学衰落，官学已变成科举考试制度的附庸，一些有志于从事文化教育与学术研究的士大夫便纷纷创建书院，授徒讲学;第三是由于湛若水(公元1466—1560年)和王守仁(公元1472—1528年)等著名学者的倡导。湛若水一生讲学55年，广建书院，门人众多。王守仁从34岁起开始在书院讲学，历时23年之久，先后修建了龙冈书院、濂溪书院、稽山书院、敷文书院等，并在文明书院、岳麓书院、白鹿洞书院讲学。著名学术大师到处建书院讲学，对于明中叶以后讲学之风的兴起，书院的迅速发展起了直接的推动作用。
然而明中叶以后，书院竟四次遭到当权者的禁毁，第一次是在嘉靖十六年(公元1537年)，第二次是在嘉靖十七年(公元1538年)，第三次是在万历七年(公元1579年)，第四次是在天启五年(公元1625年)，这四次禁毁书院，虽然具体起因不同，但均同当时当权者内部的矛盾斗争紧密相关，其实质是为了巩固封建专制统治。因为书院有比较自由的学风，有悖于明代的专制统治，更何况有些书院，敢于讽议朝政、臧否人物，矛头指向专横跋扈的宦官专权，所以受到统治者的忌恨，下令禁毁。然而书院是禁不住的，嘉靖年间连续两次禁毁书院，但明代书院反以嘉靖年间为最多。同样万历、天启年间二毁书院，但万历年间书院数量之多，仅次于嘉靖年间，天启年间书院亦有一定程度的发展。由此可见，官方越禁，民间越办;越是禁毁，越是发展，这就是历史的辩证法。
在明代众多书院中，最著名的是东林书院。东林书院在江苏无锡城东南，原为北宋教育家杨时(公元1053—1135年)讲学之所，后即在该地建书院，因杨时被称为龟山先生，所以东林书院也称为龟山书院。元代曾废为僧庐，明万历年间，无锡人顾宪成(公元1550—1612年)与弟顾允成修复了东林书院。顾宪成去世后，高攀龙(公元1562—1626年)、叶茂才相继主其事。
东林书院是当时一个重要的文化学术中心，并形成了一套完备的讲会制度，据《东林会约》载，东林书院的讲会定期举行，每年一大会，每月一小会，各三天，推选一人为主持人;讲会之日，必举行隆重的仪式;讲学内容主要以“四书”为主，讲授时，与会者“各虚怀以听”，讲授结束，相互讨论，会间还相互歌诗唱和，十分活跃。此外，关于讲会组织的其他一些方面，如通知、稽察、茶点、午餐等，也都作了具体规定。所有这些都表明东林书院的讲会已经制度化了。从讲会的规约、组织、仪式和规模来看，讲会已经超出了书院的范围，成为一个地区性的学术讨论会。这样，既扩大了书院的影响，提高了书院的社会地位，又丰富了书院的教学内容，提高了书院的教学和学术水平，这是东林书院的一个重要特点。
东林书院的另一个重要特点，即是密切关注社会政治和国家大事。书院的这一特点，集中地体现在顾宪成为其题写的一幅对联上：
风声、雨声、读书声，声声入耳;
家事、国事、天下事，事事关心。
这幅对联至今仍刻存在书院旧址的石柱上。
东林书院后遭到魏忠贤为首的阉党的迫害而被焚毁，许多东林书院的领导人，如高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中、周顺昌、黄尊素、李应升等横遭迫害致死。由于东林书院对社会的影响很大，所以魏忠贤等在禁毁东林书院时，也就把天下的书院都同东林书院联系在一起，一律严令禁毁。直到崇祯皇帝即位后，魏忠贤惧罪自缢死，其他阉党人物也受到应有的惩治，东林党人才得以昭雪，东林书院也于崇祯六年(公元1633年)修复。经历这一番曲折之后，东林书院“名益高，人乃以附东林为荣”，又重新生机盎然。
清代初期，书院的发展也处于沉寂状态。直到康熙年间才有些变化。康熙皇帝御书“学达性天”、“学宗洙泗”、“经术造士”、“学道还淳”匾额分赐一些著名的书院，于是各地缙绅之士便积极创立和修复书院，清代书院才逐渐由沉寂走向复苏。雍正十一年(公元1733年)下令提倡书院，确认书院是“兴贤育才”之举，要求督抚于省会创办书院，并提供经费，在积极倡设书院的同时，也加强了对书院的控制。
清代新建的书院共有781所，康熙年间创设的最多，有233所;乾隆年间次之，有228所。按流域分布统计，到康熙年间为止，黄河流域占20.39%，长江流域占35%，珠江流域占43.93%。珠江流域升到第一位。按省份看，据不完全统计，福建最多，有181所;湖南占第二位，有106所;广东占第三位，有102所。按民办和官办看，民办的占9.65%;地方官办的占57.10%，督抚办的占8.56%，京官办的占0.48%，敕建的占12.60%，合计官办的占78.74%。
由此可见，清代书院已日趋官学化，官方控制书院的设立，掌握书院的经费，控制书院师长的选聘权，控制书院的招生和对学生的考核。多数书院已转向考课，成为科举考试制度的附庸。
但也有些民间书院，仍保持着宋明书院自请教师、自由讲学的本色。如紫阳书院讲会，据康熙八年(公元1669年)订立的《紫阳讲堂会约》，对入会者要求十分严格，反映了对当时官学化书院的不正学风的抵制。
颜元(公元1635—1704年)创办的漳南书院更具特色，书院中建正厅三间，取名“习讲堂”，而不称“讲习堂”，以强调习行之意。又东西相向设文事、武备、经史、艺能四斋。文事斋教授礼、乐、书、数、天文、地理等科目。武备斋教授黄帝、太公、孙、吴兵法和攻守营阵陆水诸战法、射御技击等科目。经史斋教授十三经、历代史、诰制、章奏、诗文等科目。艺能斋教授水学、火学、工学、象数等科目。另又暂设理学、帖括两斋，皆北向，以示“吾道之敌对”。这两斋是作为对立物而设的。院门之西设步马射圃，作为学生骑马射箭的场所。课余还举行举石(即举重)、超距(即赛跑)、击拳等体育活动。当时颜元尽管已是62岁高龄，仍“教弟子舞，举石习力”。
乾隆、嘉庆之际，以考据训诂为特征的汉学兴起，出现了一代著名的汉学家，如江永(公元1681—1762年)、钱大昕(公元1728—1804年)、汪中(公元1745—1794年)、戴震(公元1723—1777年)、段玉裁(公元1735—1815年)、阮元(公元1764—1849年)等等。他们主讲的书院，主要传授经史、辞赋、名物制度、天文、历算、地理、音韵等学问，不课八股文。这类书院是近代新式学堂的先驱，它的出现已经预示着整个封建社会教育制度的衰落，古代学校将向近代学校转化。
阮元主持诂经精舍，常带领学生到附近的第一楼“燕集”吟诗作赋。他创办的“学海堂”要求学生在“博”的基础上求“精”，启发学生“识精而思锐，不惑于常解”，鼓励学生自己钻研。教师讲课时，学生便带着作业和疑难问题“执卷请业”，甚至同教师自由论辩。为了使学生的学习向着精深方向发展，书院亦注重因材施教。“学海堂”设八个学长，让学生“择师而从”。还选择高材生配合学者和教师写书，做到读书与著述相结合。“学海堂”还建立了刊刻制度，将当代有关解经文献，辑成《学海堂经解》1400卷，作为本堂重要教学参考书。此外，还将本堂师生所写论文汇编成《学海堂全集》、《学海堂课艺》等。这都反映了清代书院对学术文化的发展所起到的积极作用。
光绪二十七年(公元1901年)八月，清朝廷采纳张之洞(公元1837—1909年)、刘坤一(公元1830—1902年)的建议，下诏将各省所有书院改为学堂。从此，延续千年的古代书院制度即宣告结束。
书院不仅对我国古代社会的教育发生过重要影响，而且先后传至日本、朝鲜、东南亚各国，至今在这些国家仍有不少书院，尤其在日本更为普遍。