日本历史上封建军事贵族专政的一种独特政体，亦称“幕府政治”，自十二世纪末到明治维新前夕，前后延续近七百年。八世纪，班田制的普遍实行，在一定时期内，促进了社会经济的发展。但是，班田农民身受租庸调重担，又受贵族官僚的敲榨勒索，生活十分艰难。八世纪中叶，政府为了增加耕地而鼓励开荒。豪族、官僚、寺院凭借权势，役使奴隶和失地农民大量开荒，同时利用各种手段兼并农民的口分田，不断扩大封建地产。八世纪末期，私有地不断发展，封建地产成为贵族们的私产，他们以此建立庄园。这种形式逐渐成为占统治地位的经济结构，是封建主剥削农民的基本组织单位。大封建主拥有很多庄园，委派代理人庄官进行管理。十一世纪，许多有势力的豪族和寺院的庄园取得了“不输”、“不入”，即不向国家交纳租税和不准政府官员进入庄园干预其内部事务的权利，庄园成为国中之国。许多地方豪族为逃避国家的税收，往往把自己的庄园献给中央贵族，自己则变成庄官，实际上仍掌有原来的土地。庄园所依附的上级，称为“领家”。这样形成了庄园等级系统。各级领主及地方行政长官“国司”恣意侵占公田，有的农民被迫把土地奉献给贵族和寺院。于是，私田日增，公田日削，到九世纪末十世纪初，班田完全停止。封建领主庄园占了绝对优势，地方豪强势力日益发展强大，天皇权力日益削弱。九世纪中叶以后二百年间，大贵族藤原氏擅权，独揽朝政，视天皇为傀儡。其间政治腐败，社会不安，“盗贼”横行，贵族为争占土地互相火并，甚至反叛朝廷的事也不断发生。地方豪强为保卫自己的庄园，扩大势力，都把自己的家族和仆从武装起来，组成一种以血缘与主从相结合的军事集团，它的成员称为“武士”。主人有责任豢养和保护武士，武士则必须向主人效忠，随从出征。往后，武士间通过联合兼并，形成了一些大小不等的封建军事贵族。

十二世纪，关西平氏和关东源氏领导着两个最大的武士集团，互相争夺中央政权。十二世纪八十年代源氏击败并消灭了平氏。1192年，源氏的首脑源赖朝取得“征夷大将军”的称号，并在镰仓设立幕府。日本自镰仓幕府时期(1192－1333年)开始了武家政治。日本古代大将军出征常以营幕为发号施令的所在地，因而习称将军的府署为“幕府”。幕府往往以所在地和将军的姓氏得名。从镰仓(源氏)幕府到室町(足利)幕府、江户(德川)幕府，历时七百六十五年。日本天皇虽保存着，但无实权，名义上将军由天皇任命，实际上天皇却在将军的控制之下，将军是全国的最高统治者。镰仓幕府在中央设置官吏，统管全国政治、军事和司法大权。同时，在地方上，向各国(省)派“守护”，管理军政事务，向各庄园派“地头”，负责警卫庄园、收取年贡。这些守护、地头逐渐取代了国司和庄官的职权，并将原来的国家土地以及贵族庄园攫为己有。所以，将军是全国最大的封建主，他属下的武士都成为占有不同数量土地的大小封建主，幕府的统治基础就是武士封建主阶级。然而镰仓幕府并不是日本统一的中央集权政府，不但残存着旧的宫廷贵族势力，而且地方大封建主和寺院仍然保持着一定的独立性。十三世纪下半期，日本接连受到元朝的两次进攻。农民和武士是取得反侵略胜利的主力，可是幕府却把战争费用转嫁到下面，加速了农村的荒芜和下层武士的没落，幕府的经济和支持力量日益薄弱。后醍醐天皇企图复辟天皇政权，他于1333年纠集不满幕府的武士贵族，一举推翻了镰仓幕府。但是，政权又落到实力强大的武士足利尊氏手中。1336年，足利尊氏攻入京都，自任征夷大将军，在京都设立幕府，足利氏的第三代将军把幕府设在京都的室町街，史称室町幕府(1336－1573年)。被废黜的后醍醐天皇逃到京都以南的吉野另立朝廷，与北方的京都朝廷对抗，南北对立局面维持了六十年，史称“南北朝时期”。直到十四世纪末期，室町幕府合并了南朝。室町幕府是大军事封建主的联合政权。政权本身包含着分裂的因素。幕府派往各国(省)的守护，权力逐渐扩大。在南北朝内战时期，他们利用自己的权力，极力扩张势力，形成割据一方的大封建主(守护大名)，将军的权力基本上只限于自己的直辖领地。十五世纪中叶以后，室町幕府完全失去了控制各地领主的力量，守护大名之间为争权夺势不断进行混战，直到室町幕府灭亡，日本历史上称为“战国时期”(1467－1573年)。在混战中，守护大名力量消耗殆尽，完全衰落下去。而一些新兴的封建大领主，即战国大名代之而起。

1573年，尾张国大名织田信长，在打败了三十六国(省)大封建主之后，推翻了室町幕府的统治，开始了日本的统一事业。1582年，他遭部下袭击而死。部将丰臣秀吉继续进行统一大业，他采取了一系列加强中央集权的统治措施以后，发动了侵略朝鲜的战争，但遭到惨败，于1598年死去。织田信长的另一部将德川家康继续执政。德川家康以江户为根据地，于1603年设幕府，开始了德川幕府的统治(1603－1868年)。德川幕府把天皇完全排除在政治之外，并采取一系列措施，以建立空前高度集中的中央集权统治。幕府将军把全国土地的四分之一作为直辖领地，并把持江户、京都等重要城市和矿山。将全国其他土地分赐给大名，大名的领地称为“藩”，大名效忠将军，负担军役和其他义务，在领地内享有全权统治地位。这样在中央政权的幕府之下存在地方政权藩国的体制，被称为“幕藩政治”。幕府制定“武家诸法度”，以统制大名和京都朝廷贵族。对大名依亲疏不同区别对待，按领地质量的优劣进行分赠，使其领地与将军领地交错分布，以便牵制，并对大名的建立城堡、通婚以及相互交往都作了严格的规定。建立森严的等级制度，加强对人民的统治，把全国居民分为士(武士)、农、工、商四级，身分世袭，互不通婚。武士居四民之首，修文习武，享有佩刀称姓的特权。农民是主要生产者，要负担五公五民的年贡和杂税。不论农工商户都得纳入“五人组”制度，一户犯罪，全组同罚。此外，提倡三纲五常、忠孝节义等儒家思想，以作为封建等级制度的理论根据。德川幕府初期，为了增加财政收入，支持对外贸易，领有朱印状的船只，来往于中国、朝鲜和东南亚一带，进行广泛的贸易，并且与西班牙、葡萄牙等国进行商业交往。与此同时，西方的天主教和枪炮等火器传入日本。天主教在日本迅速传布，危及幕府统治，遂于1613年下令禁教，并开始对天主教徒进行残酷迫害。1639年，德川幕府颁布“锁国令”，禁止日本人与西方商人贸易，只许中国与荷兰的商船在长崎通商，日本的对外贸易从此衰落。